Si hablamos de Lozoya hablamos de agua, el río Lozoya que vertebra el Valle, nace de la confluencia de varios arroyos. El primero en el arroyo de las Guarramillas, exactamente en la actual estación de esquí. Rápidamente confluyen con el los arroyos de los Cotos, de las Cerradillas, del Toril, de la Laguna Grande de Peñalara, de Peña Mala, de Valhondillo, de Navalahuesa, del Aguilón y de la Umbría, momento en el cual el llamado río de la Angostura comienza a denominarse río Lozoya.
Al río Lozoya le siguen afluyendo multitud de distintos arroyos por los términos municipales del Valle del Lozoya, en Rascafría el más reseñable y caudaloso de ellos es el arroyo del Artiñuelo, que vierte sus aguas tras atravesar la población.
Muchos de estos arroyos nacen en lo que genericamente se conocen como Hoyos, Grande, Cerrado, Berrocoso, Regajo Niesto etc, que realmente son los circos formados en la cordillera septentrional a una cota media de 2000 msnm. Todos estos Hoyos de contorno semicircular, abruptas paredes y abiertos hacia el valle, vierten sus aguas al río Lozoya por medio de pintorescos barrancos que en su alocado descenso se despeñan por un recorrido de tres o cuatro kilómetros salvando desniveles de 600 u 800 metros.
En Oteruelo del Valle se le va juntando el arroyo de Entretérminos, en la vecina Alameda del Valle los protagonistas son el arroyo de la Saúca que cruza la población desde el norte y el arroyo de Santa Ana por el sur viniendo del cordal de Hontanares.
En Pinilla del Valle el arroyo de los Hoyos de Pinilla descendiendo por el norte desde el cordal de los Montes Carpetanos y el arroyo del Hontanar desde el sur proveniente de dicho cordal de los Altos del Hontanar.
En Lozoya los más reseñables y caudalosos son el arroyo de la Fuensanta cuyo nacimiento se encuentra en la ladera suroeste del Reajo Capón por el norte y el arroyo del Villar por el este el cual nace cerca del collado de Navarredonda.
Pasada la presa de Pinilla el cauce vuelve a sus orígenes por el llamado puente de Canto o del Congosto en las denominadas marmitas de gigante, que son unas grandes pozas horadadas en la dura roca por la acción erosiva del agua a través de los siglos.
Al río Lozoya aún le llegan más afluentes como el arroyo de Canencia, el cual le cede sus aguas justo antes del Viaducto de Taboada para acto seguido ingresar en el embalse de Ríosequillo ya en el término municipal de Garganta de los Montes y El Cuadrón.
Saliendo del Valle Alto del Lozoya el río aún será represado en el embalse de Puentes Viejas, El Tenebroso, el Villar y el Atazar para ceder sus aguas al río Jarama en el cual se cumple el viejo refranero castellano aludiendo a que «el Lozoya lleva el agua y el Jarama se lleva la fama».. lo cual no es del todo cierto, por las canalizaciones del Canal de Isabel II que dan de beber a la insaciable ciudad de Madrid con el cauce del Lozoya.